朝辽东连失抚顺、清河两座边疆镇。陨将丧师损辱国威，败报继传来举朝震骇不已。藏身于紫禁城宫殿深处的神宗，似乎识到努尔哈赤绝非寻边匪盗寇。这个女真叛首的终极目标乃是要染大王朝的江山稷。本不以下为念的神宗终于坐不住了。神宗旨，朝廷下了狠心，决“大张挞伐、犁庭扫穴、进攻后金、一举灭之”。时朝腐败生内危机伏，为能荡后金，朝仍旧竭其所能地积极筹备项宜。
其一、委将帅。朝罢免辽东巡抚李维翰，曾击破蒙古抄花部的辽东巡抚杨镐担辽东经略，坐镇调度挥征剿。同时选调一批声闻内的骁猛悍将参与番征剿州。包括：曾数度大败蒙古部族威震边陲的虎将山关总兵杜松；于抗击缅甸、入朝抗倭、定杨应龙之乱中屡立战功的勇将辽阳总兵刘綎。又遣调王宣、赵梦麟等个总兵参战。
其二、调集兵马。由于军饷缺乏、将官腐败以严的吃空饷现。导致朝驻扎辽东的兵士多有逃亡，军队数量严不足。除去城驻防守备，能用于机动作战的兵力已有限，也就两万人左右。故而朝从边镇征调宿将锐卒万千；从浙江征发为善战的步兵千（其身是著名的戚家军）；从川、福、山东、陕、隶等地择选精兵两万；又调永顺、靖、石州等处土司兵千。须这从全国地征调而来的八万多军，可都是朝当时为精悍劲旅。再算上参与征剿的辽东军，朝总集结大约十二万军队，号称十万。依朝要，朝鲜出兵一万三千，叶赫出兵一万配合军征剿后金。
其三、筹集粮饷。辽东本就粮饷不足，军队一欠饷欠，难以障这大规模的征剿。张居辅时万历朝国库何其充盈，而今竟至窘迫到没钱打仗的地步，真是令人唏嘘不已。户部能筹措到征剿所需款项一半，当时宫中尚有积蓄是皇帝私房钱。爱财如的神宗坚决不许动用内帑。于是万历十年（元1618年）月，朝为筹措辽东军饷而加派田赋，是为辽饷，计二多万两白银。由开了加征辽饷的河，打这时起辽饷连年不断加派，到崇祯末年时已增至万两之巨。沉的辽饷加了底层姓负担，也不断激化朝会阶级矛盾，同时更加速了朝衰落和灭亡。暂且抛去这后话不，单说征剿后金，朝还征集大量民夫辽东运输粮秣以障大军征讨之需。学统计集结于辽东的军若算上差役民夫，其总数确实能有十多万，这样来军号称十万也非虚数。
其、金赏格。神宗对努尔哈赤是如痛恨，以至于一项贪婪吝啬的朱翊钧在《擒奴赏格》中发出了高价赏格，奖买努尔哈赤一干人等项上人头。《神宗实录》记载，兵部刊印榜文，“有能擒斩奴儿哈赤，赏银一万两，升都挥袭；擒斩奴酋八大总，赏银二千两，升挥使袭；擒斩奴酋十二亲、伯叔弟侄，赏银一千两，升挥同袭；擒斩奴酋中军锋暨领兵大头目，赏银两，升挥佥袭；擒斩奴酋亲信领兵中用小头目，赏银两，升千户袭”。从悬赏榜文中杀气腾腾又凶戾暴狠的字里行间，摆了朝誓要将努尔哈赤阖家满门，连同后金权文武勋贵们斩尽杀绝。考虑到万历三大征，军在定宁夏哱拜、播州杨应龙叛乱后都是一番血腥屠戮。可而如若战后金战败了。等待努尔哈赤的，可就不仅仅是身死族灭这简单，将是彻头彻尾的亡国灭种。生的后金权以刚成的满洲民族同体，时已走到生死存亡的危急关头。
而有着刚毅力和无畏勇气的努尔哈赤，没有朝方面的凶狠威吓和滔声势所吓倒。趁着朝忙于调兵遣将运输粮秣过颇费周折而且耗时较长。努尔哈赤充分用这段宝贵时间积极备战。间努尔哈赤继续派兵进讨招抚野人女真，彻底降服虎尔哈部残部。大片黑龙江、乌苏里江域的广阔疆土入后金，同时也进一步增了后金军和经济实力。
辽东军也没有闲着千方计地不断袭扰后金。万历十年（元1618年）月初，辽东总兵李如柏派兵袭击后金秋农作物的民夫。努尔哈赤闻讯勃大怒，当决要发狠报复朝的歹毒。月二十日，后金军袭击边点会安堡。一番烧杀掳掠后，八旗兵将堡内三屯民尽斩杀于抚顺关下。留下一个汉人没杀却残忍地割掉他的双耳，而后这个鲜血淋漓的汉人替努尔哈赤捎信给朝。努尔哈赤在书信中大神宗皇帝挑衅，“若以我为非理，可约定战出边，十日，半月，攻战决战；若以我为合理，可纳金帛，以了。尔大国乃行窃盗，袭杀吾农夫一，吾杀汝农夫一千，且汝国能于城内业农乎？”
史书未记载神宗是否到了这封书信。却不妨碍努尔哈赤用这种极端血腥的方，告自己曾经的宗主朝，吓不住我！自古得民心，得下！努尔哈赤有雄心壮，欲称雄于下，他就应该懂得招揽民心的要性。既如他为何还会对会安堡的屯民如凶残哪！究其源都是朝统女真两年间长积怨所致。努尔哈赤是真心喜爱汉人的文化和文，故而才会孜孜不倦地研读《三国演义》、《水浒传》等书籍。努尔哈赤也是真心痛恨朝，历经朝数犁庭草剃，州女真家家户户皆有骨肉至亲丧于朝之手。于是抱有狭隘民族感的努尔哈赤便将其对朝的刻骨仇恨，发泄在这无辜汉族姓身上了。。
攻打抚顺时，努尔哈赤曾严禁部下滋扰、侵夺、伤害汉人。不过是努尔哈赤为与朝周旋而暂施的障眼法。待到清河之战后双方已撕破脸皮，努尔哈赤也就毫无顾忌地抛去伪装。彻底显露出其对汉人异凶狠、极端残暴的真实面目。从开始后金权针对汉人的种种暴更是连不断。至努尔哈赤病逝，辽东汉人遭的深苦难方才得以终止。
不怎说，努尔哈赤的血腥报复确实起到了阻喝作用，自之后朝方面再未敢发兵袭杀后金姓。不过朝转而又去使叶赫部继续袭扰后金。朝使，十一月二十日，叶赫贝勒金台吉派兵袭击了已属后金的辉发城。叶赫兵袭杀后金官兵十，掳走妓女十、妇幼十。朝为奖赏叶赫白金两千两、彩缎二十里以示彰。可叶赫部没有得太久，万历十年（元1619年）月，努尔哈赤亲率大军叶赫部复仇。盔甲亮、气势如虹的八旗兵连克叶赫部大小村寨二十余座，虏获大量人畜。后因开总兵马林率兵来救，努尔哈赤不愿与军纠缠遂撤兵班师。而马林也深感后金军势大，未敢贸率军与敌战。于是乎军与后金军虽遭遇，双方却未手。归结底是双方都在为将到来的大对决憋力牟劲。无论朝还是后金，双方都这场关全局的大战要性！撤返后，努尔哈赤抓紧操练兵马、整备械、坚壁清野、埋粮填井。将后金所有将士姓集中于都城赫图阿拉。所以如为将全部力量攥成一个拳头，而后再去迎击朝征讨大军。