面对汹涌而来的农民大起义，是否要以武力硬清剿朝起初还真挺难下决断。所以会出现这种况，有二：一、陕甘地区的军防务早已荒疏废弛多年，稍有战斗力的骨干力量也调往抵御清军线。再加上当地戍守军屡遭欺压、盘剥和欠饷而不断哗变，导致陕甘地区军尚存实力变得十分薄弱，不足以定当地势如汹涌的民变浪潮。在中央层面，朝面临着来自方清朝的巨大压力，已经捉襟见肘的朝一时也难以抽调足够兵力去应对地泛滥的农民起义。二、崇祯帝对这灾举义的乱民寇，尚还抱有浓同之心和怜悯之。崇祯帝就曾开对众臣讲，“寇亦我赤子，宜抚之不必专戮”。为崇祯帝咬牙挤出十万两帑金用于赈招抚。秉承崇祯帝旨，三边总督杨鹤采用“剿抚兼施、以抚为主”的温和方针大力招抚部农民军，而且起初还真得了不错效。陕境内，以神一魁部为主的农民军几乎都杨鹤招了安。而降附农民军数目何众多，区区十万赈银不过杯水车薪。便算上藩王捐助的万两银二万石粮食，所能救济的民降众也不总数十分之一。更要的是时朝财濒临枯竭，再难出资去供养安置这数目众多的投降农民军。于是乎着生计照旧没有着落，本来就抚的农民军纷纷复叛又开始处剽掠。
势再度恶化后崇祯帝大为恼火，态度也发生彻底改变转而支持“以剿坚抚，剿后抚”的硬方针，主张温和招抚的朝议就宣告失败。至于三边总督老臣杨鹤，他非不幸地成为了崇祯帝泄愤对。实杨鹤真得冤，他是秉承皇帝旨去招抚乱民的，中风险和成功概率皇帝岂能不。而且崇祯帝还曾亲笔御批“杨鹤机招安，允协朕”，以群臣示他对杨鹤主张的戮力支持。而招抚不令崇祯帝无翻脸，全不计一切缘将所有责一股脑地都推到杨鹤身上。以“乃听寇披猖，不行扑灭，涂炭生灵，大负委”的罪名，将本遵循圣的老臣杨鹤下狱论死。杨鹤之子杨嗣昌上疏愿替父罪受罚，崇祯帝方才赦免杨鹤死罪将贬戍江袁州。崇祯八年（元1635年），杨鹤贬死于戍所袁州。
崇祯年（元1631年）月，崇祯帝了一个极为心狠手辣的角儿为三边总督，主持镇压陕农民起义宜。人也不负崇祯帝所望，上伊始以雷霆手段残酷镇压陕地农民起义，真真把农民军杀得尸堆成山血成河。这敢于大开杀戒的狠角儿色，就是末清初历史上大名鼎鼎而又极富争议的洪承畴。洪承畴，字彦演，福泉州人，万历十年（元1616年）进士，曾在刑部和浙江职。启年（元1627年），洪承畴才高俊奇升为陕督参议，杨鹤三边总督时洪承畴好在麾下供职。末一枭雄洪承畴登上风云际会的末乱舞台。当时杨鹤积极主张“剿抚兼施、以抚为主”，可作为属下洪承畴就是不以为，在他来乱民寇绝不可姑息否则势必会死灰复燃。
洪承畴来立独行不仅不肯盲从于总督杨鹤，还自行组织兵力弹压地农民军，一点也不顾自己的顶头上司。洪承畴为人精干，敢作敢为的胆识与魄力可见一斑。洪承畴在清剿农民军时极富军韬略，每每都能以少胜多大败农民军。崇祯二年（元1629年），农民军王左掛、苗美率部进攻韩城，总督杨鹤当时手中无将可用急之下，还是参的洪承畴领兵出战。洪承畴挥军大破农民军斩敌三，一举了韩城之围。崇祯三年元1630年月，洪承畴功升为延绥今陕榆林巡抚。崇祯三年元1630年六月，府谷王嘉胤部农民军攻陷黄甫川等要塞又陷府谷县城，随后王嘉胤诈降假退出府谷县城，待军来“收复”县城时王嘉胤猛杀个马枪，再度大败不曾防备的军占县城。王嘉胤没有高兴太久，快延绥巡抚洪承畴、总兵杜文焕率部从孤山火速进剿而来，一斩杀农民军余。又在山军配剿杀下，王嘉胤部农民军不能敌迫转入山谷躲避。
在统兵作战方面，精于用兵的洪承畴充分显露出杰出军挥才能。而在如何处置降附的农民军问上，心狠手辣的洪承畴也同样现出冷血残酷的另一面。洪承畴深在朝廷本无力予以妥善安置的况下，这暂时降附的“乱民寇”犹如一颗极不稳定的炸弹，随时都可能爆炸复叛。为了不给日后留下隐忧后患，凡是可能对自己构成威胁的农民军降众都会洪承畴毫不犹豫地杀掉。崇祯三年元1630年，农民军首领王左掛也就是李自成初投奔的老领导，与苗登云等十八人归降朝廷。同年八月，发觉王左掛心存二后延绥巡抚洪承畴立与陕巡按李应、总兵杜文焕设谋，将王左挂、苗登云等十八人全部杀害。崇祯年（元1631年）月，洪承畴又守备贺人龙设摆酒宴假慰劳投降的农民军。待一干降人喝得酩酊大醉毫无防备时，预埋伏的兵起一就斩杀降人三二十人。冷血无的洪承畴所干下杀降又何止这两起，统计在洪承畴围剿农民军间杀掉的投降寇多达数万之众。面对洪承畴的背信弃义和血腥杀戮，农民军清醒认识投降朝廷是死一条，有顽斗争下去才可能死里生。农民军与朝关是日益尖锐，而这也过来加速杨鹤招抚策的破产。另一方面，在它地区经出现的农民军佯装归降，待养精蓄锐后复叛的况却从未在洪承畴下发生过，这不能不说是洪承畴的见之。不仁不义也好残暴成性也罢，洪承畴毕竟“剿贼”有方且战绩卓著，快便在朝中声名鹊起亦为下瞩目。就连崇祯帝也对洪承畴的杀降暴行大为赞许，“贼势獗甚，招抚为非，杀之良是”。得到皇帝亲口赞誉和赏识洪承畴大受鼓舞，自后更是肆无忌惮地农民军举刀屠戮。。
末农民大起义迅速燃起于陕。随着起义蔓延势头愈发汹涌迭起，多陕农民军渡过黄河开始对岸山发势力，波地域扩大陕仍还是农民军要动区域。于入寇京畿一带的清军已饱掠而，边防压力暂时减缓的朝得以腾出手来专心镇压农民军。继三边总督的洪承畴在调集镇军精锐后，首挥刀砍的就是陕地农民军。在末大农民大起义初阶段，散布于地的农民起义多呈自发性和盲目性点。虽已渐现出“小为大”的联趋势可彼间无什协同可言，这便给了朝集中优势兵力个击破的可乘之机。另在农民起义军草创初，刨去少数几支诸如李自成的队伍能有较战斗力。多数农民军人员构成复杂混乱且大都没受过统军训练，也未经历过大仗洗礼，这都导致农民军作战能力严缺乏。若仅凭借数量上的优势应对地方上腐朽无能的戍守军还尚可，却难敌得过真有战斗力的军精锐，以像洪承畴这样极富文韬武略的名将悍帅。故而在洪承畴引军凶狠围剿下，留在陕境内的农民军起义军俱都遭受到沉打击。
崇祯年（元1631年）十一月，谭雄部起义军两攻入安塞，洪承畴副总兵曹文诏围攻宁塞的黄友才部起义军。而他自己亲率总兵王承恩、副总兵李卑等去攻打安塞的农民军。经过一番激战，总兵王承恩诱杀了谭雄等农民军首领。十二月，黄友才和刘、郝临庵、可飞等部农民军兵围攻环县，环县县自缢身死。洪承畴调甘肃总兵杨嘉谟、宁夏总兵贺虎臣奔袭环县，激战中农民军首领黄友才官军火铳射杀。亦年二月，可飞、郝临庵部起义军攻庆阳府城。洪承畴派勇将曹文诏领兵救，结农民军又打得大败一千多人战死。月，不沾泥、张存孟部农民军川出兵进攻米脂、葭州。洪承畴会同延绥巡抚张福臻、总兵王承恩等部再大破农民军，农民军首领不沾泥和刘民悦俘斩于绥德。月，农民军首领混猴为军马科部斩杀于延水关。八月，洪承畴一面积极调军大肆进剿，一面又狡猾地派出间谍混入农民军中挑拨离间，成功唆使农民军互攻杀。农民军可飞部投降朝廷的农民军白广恩攻灭，作为朝廷树立的招安标杆白广恩后深得用一官升至总兵之职。十月，总兵王承恩进剿一座城、薛红旗部农民军。农民军首领一座城、薛红旗叛徒所杀军击杀。十一月，临洮总兵官曹文诏率所部军进剿至凤凰山，农民军首领郝临庵、独行狼一同为叛徒杀害，所部农民军投降。阴险毒辣的洪承畴担心降人，便从投降农民军中挑出名“狰狞慓悍”，余人员全部予以无杀害。至陕境内农民起义本上都洪承畴残酷镇压下去，朝统计，陕农民军杀达三万六千六余。