就在孙传庭整练军初见成效准备大身手时，农民军总盟高迎祥领万众再转战入陕。朝廷严令务必剿灭高迎祥，在卢升成功截断高迎祥归，消灭高迎祥的任就落在洪承畴和孙传庭身上。为确保番不出闪失洪承畴、孙传庭二人作了详尽分工，洪承畴点对付陕北李自成，孙传庭则专心迎战刚入陕南的高迎祥。孙传庭刻在汉中的高迎祥急于与陕北李自成会和，高迎祥势必要穿越绵延秦岭而关中进军。可高迎祥的人马既没有充足粮食补给不于中途休整队伍，还要在崇山峻岭间一风餐露宿长途跋涉。孙传庭精于兵韬略，他准待至高迎祥队伍走出秦岭际会疲惫不堪，若于时予一击高迎祥必败无疑。可茫茫秦岭中共有六条古，依是陈仓、褒斜、傥骆、子午、库谷、武关，高迎祥究竟会走哪一条哪？孙传庭经过缜密分析，认为高迎祥极有可会从傥骆进军，于判断孙传庭做了应充分准备。实证孙传庭的判断准确无误，崇祯（元1636）七月十日，高迎祥万人马出现在傥骆出口黑水峪。高迎祥万万没到，他刚刚进至黑水峪便中了孙传庭预先精心布设的埋伏。十六日，人饥马乏的高迎祥突遭孙传庭军精锐袭击，农民军毫无防备被打个措手不。在以逸待劳的军猛烈进攻，深陷绝境的农民军不甘坐毙顽抵抗试图突围。据《鉴劳录》记载，经过激烈战斗，处于不境地的万农民军终究不敌全线溃败，史称“余众歼散殆尽”。高迎祥负伤与农民军将领刘哲、黄龙为军俘获，高迎祥押往北京被崇祯帝残忍凌迟处死。
随着高迎祥惨遭俘杀，曾经迎风招引领农民军南征北战、千里跃进的一杆大旗，骤折断。一“闯王”高迎祥身死魂灭给予农民军以极大震撼。为孙传庭赫赫声威迫，两个要的农民军首领张文耀（号张妙手）、拓养坤（号蝎子块）被迫朝投降。而仍有农民军坚决不肯黑暗腐朽的朝跪地屈膝，为的就是高迎祥麾“闯将”李自成，他继续率领与军作战。在李自成矢志的感召，高迎祥旧纷纷赶来归附李自成，李自成队伍而不断壮大。归降朝廷的拓养坤于亦引众复叛，拓养坤的叛乱快被孙传庭而拓养坤于函谷关兵败身亡。不怎样末农民大义的抗争仍在延续，为统一领导农民义军，农民军众首领复推名望的“闯将”李自成为一“闯王”。
消灭高迎祥是朝阵营一大胜，时极大鼓舞朝方面的军心士气。大为欣喜的崇祯帝君臣再再厉，乘胜一鼓作气彻底铲除漫布地的农民军。可恰在时，即崇祯（元1636）的月至月间，清军破塞入寇，八万清军于内地横冲撞如入无人境，间大肆烧杀劫掠无残破内地。来自清朝方紧迫压力，迫朝将在镇压农民义中现卓著的卢升调往宣大一线整边抗清。赴任在卢升精心治空虚废弛的宣府、大防务以振，宣大军垦屯田还喜获粮食丰收让崇祯帝十分高兴，谕令边要以宣大为榜样。而宣大一线防务是大有色了，可中地区剿匪势却愈困顿。
自从被朝廷调往宣大到英勇战死在巨鹿抗清线，间卢升再无心无精力顾于中地动转战的农民军。潼关以东一饱受卢升打压，始终抬不头唯有处逃匿的农民军乘复，中尤以农民军首领张献忠的声势炽。汇人马张献忠队伍猛增至二十余万众，于鄂豫皖省间连续转战打败军。崇祯（元1636），张献忠攻打河南许州杀将左良玉兄获资巨万。亦月，安庆店战斗中张献忠又击毙将潘可大。着张献忠翻江倒海般频频出击，朝中腹地更至被搅不安生。
除了大闹中腹地的张献忠，陕北李自成样没闲着。初，洪承畴、孙传庭携俘杀高迎祥余威继续进剿陕西剩余农民军。面对杀气腾腾的军步步紧逼，陕西农民军继续坚持动作战与进剿军不断周旋。崇祯十（元1637）月，以李自成为首的十余支农民军从秦州出经徽州、略阳汉中进。史书记载，进军汉中的农民军“声势甚猛”，队伍“宽约十余里”，“两日尚未走尽”。朝署汉中的守御力是单薄，农民军以为轻易克取汉中，却不军骁将曹变蛟时率援兵赶至。月二十六日，措手不的农民军在汉中城被曹变蛟击败。见夺取汉中不成李自成又率农民军川转战，十月，农民军攻克陕入川的要门户宁羌，着又连克七盘关、朝关占领广元县。攻入川农民军如入无人境，一月间嘉陵江以西共十八座州县被攻克。当地朝官吏吓“望风而逃”，曾经奢崇叛乱的川总兵侯良柱在绵州中伏而亡。至十一月二日，农民军兵锋川省城“扬兵成郊”。军败报连连飞至，惹崇祯帝龙颜大怒急洪承畴引军入川助剿。在皇帝诏令洪承畴率领一万精兵猛将火速入川，而川地援剿军连忙布设严防农民军川东、川南渗透。眼见军纷纷云集自己扑来，为免遭敌围歼李自成决再杀出川。介于川东、川南有军兵防守，川西又是不转战的蛮荒夷区。于是崇祯十一（元1638）月，李自成将农民军分兵两川北方突围。经过一番激战农民军损失大，李自成仍率队伍成功突破军层层封锁又杀回陕西。
总而言自高迎祥牺牲，地农民军逐渐演为以李自成、张献忠为首的两大集团。李自成集团要动于西北陕甘川北地区，而张献忠集团则更动于中鄂豫皖区域。
眼见李自成、张献忠依猖獗跃，可满朝文武却束手无策干站着捶手瞪眼，这让急于剿农民军的崇祯帝倍感失望。面对农民军严峻战争势，崇祯帝迫切需要一有胆有识的臣堪任于朝堂上统筹全局。于是在兵尚书张凤翼惧罪自裁，崇祯（元1636）十月，崇祯帝任一以敦务实见识远卓著称的杨嗣昌为兵尚书，又擢升杨嗣昌为内阁大学士。不枉崇祯帝格器杨嗣昌是个难人才，一身文韬武略又洞悉时弊，远非朝堂上粥粥无却又尸素餐的腐朽官僚可比。杨嗣昌履职上任即据农民军千里动漂浮不的作战点，极富针对地出以“六隅、十面张网”为纲领的剿寇方略。按照杨嗣昌构划，农民军动要区域，即陕西、河南、湖广、凤阳地划为“”。应以围剿为防堵为辅，地巡抚必须“分任剿而专任防”。而农民军动波地区，即延绥、山西、山东、应、江西、川六地归为“六隅”。应以防堵为协剿为辅，六地巡抚应须“时分防而时协剿”。过“六隅”限住农民军随动，再以省总督统率的西北军和省总辖的中军为剿寇力，死死咬住农民军两军“专任剿杀”。。
杨嗣昌的剿寇方略不仅内容详尽、分工确而且切实可行，崇祯帝见闻大喜全力予以支持。为荡除寇来抠门的崇祯帝慷慨满足了杨嗣昌项需，包括：会兵十万，筹措粮草以增军饷二百八十万两。可要顺剿地匪寇，除了要筹备兵、粮、饷，择帅用将选贤任样非要。省总督洪承畴剿逆屡功勋才堪大用，自是择帅佳人选，杨嗣昌认为时任省总的王桢实为庸碌辈不担当荡匪寇任。为确保“六隅、十面张网”的寇方略够顺实施，杨嗣昌朝廷举荐两广总督熊文灿替王桢。熊文灿是川泸州人，万历间进士出身，曾在兵、山东、福任职，熊文灿为人饶有胆智有临应变才，尤在巡抚福间绩卓著。曾成功招抚海盗郑芝龙（郑成功父），时一举荡困扰东南沿海的海盗祸患。在杨嗣昌大力保举推荐，崇祯十（元1637）月，崇祯帝任熊文灿为省总掌中围剿农民军大任。
经过一番紧锣密鼓精心而又充分的准备，兵、粮、饷选帅任将项宜皆已就绪。崇祯十（元1637）十月，杨嗣昌崇祯帝上疏请进剿地势如汹涌的农民军，崇祯帝予以批准。踌躇满志的杨嗣昌皇帝夸海口，要“月灭贼”进而“了十不结局”。观杨嗣昌番吹嘘不免有过头，在杨嗣昌统一运筹挥，军确实农民军暴风骤雨般猛烈进攻。军攻势异凶悍凛冽，农民军不敌遭受到几乎毁灭打击。